Erbittert verfolgten die Anhänger der Antiquarischen Gesellschaft diese Entwicklung. Als finanzielle Mittel standen ihnen nur die Beiträge von Anfang etwa 130 Mitgliedern und in gleicher Höhe Subventionen des Eidgenössischen Departements des Innern zur Verfügung. Ein Mäzen, der zusätzlich Geld spendete, fand sich in ihren Reihen nicht. Sie polemisierten jedoch in verschiedenen Zeitungen, «Pro Vindonissa» lägen nicht die Erkundungen des Römerlagers, sondern der eigene Geldbeutel und gute Geschäfte mit den geborgenen Objekten am Herzen.
Ihren Höhepunkt erreichten diese Auseinandersetzungen im Zusammenhang mit dem Ringen um den Erhalt des Amphitheaters. Dessen Überreste waren noch in so gutem Zustand, dass sich Hauser und seine Freunde scheuten, entsprechend den abgeschlossenen Verträgen zu handeln, also die den Ackerbau behindernden Mauern abzutragen und die gewaltige Grube wieder zu verfüllen. Im gleichen Sinne schrieb auch die «Neue Zürcher Zeitung» am 30. Oktober 1897, dass es «wirklich schade» wäre, «wenn dieses für den Aargau und für die Schweiz so bedeutsame historische Monument nicht vollständig blossgelegt und der Nachwelt in geeigneter Form zugänglich gemacht und erhalten würde. Um das zu erreichen, müsste vor allem der nötige Grund und Boden erworben und gesichert werden. Der Bund hat ja für so vielerlei Sachen Geld, auch für alte und neue Kunst.»
Resignierend klang jedoch, was Dr. Heinrich Zeller-Werdmüller, Vorstandsmitglied der Schweizerischen Gesellschaft, am 30. Dezember 1897 in der «Neuen Zürcher Zeitung» zum Ausdruck brachte. «Das Amphitheater von Vindonissa», hiess es da, «ist seit einiger Zeit Gegenstand eingehender Verhandlungen des Vorstandes der Gesellschaft für Erhaltung historischer Kunstdenkmäler und dessen Subkommission für Römerbauten. Leider scheiterten bis jetzt die Bemühungen der Kommission an den alles Mass übersteigenden Ansprüchen der Bauern, welche sie dem Eidgenössischen Departement des Innern gegenüber nicht zu befürworten wagte, während mit dem Ausgrabungskonsortium eine Verständigung gesichert ist.» In Verhandlungen mit «Pro Vindonissa» war ein Vertragsentwurf zustande gekommen, der die Bedingungen für den Verzicht des Konsortiums auf alle Rechte am Amphitheater im Falle eines Kaufs durch die Eidgenossenschaft regelte.
Einem solchen Kauf stimmten die Mitglieder von «Pro Vindonissa» auch deshalb zu, weil sie sonst 2000 Franken für die Verfüllung des Monuments ausgeben mussten, nachdem sie schon 5000 Franken für die Freilegung der Ruine aufgewendet hatten. Andererseits standen sie wegen des Zudeckens unter Vertrag. Da sie nicht mehr an einen Kauf des Amphitheaters glaubten, wollten sie das ungewöhnlich warme Winterwetter nutzen und am 4. Januar 1898 mit der Zuschüttung der «Bärlisgrub» beginnen. Auf die Forderung der Antiquarischen Gesellschaft, diese Arbeit bis Ende Februar zu verschieben, antwortete das Konsortium, man würde den Bruggern «im Einverständnis mit den Grundbesitzern» und «in Anbetracht der Verpflichtung zur Bezahlung von Landentschädigungen für ein weiteres Jahr» noch «eine Frist bis zum Abend des zweiten Januar 1898» gewähren. Bis dahin sollte die Antiquarische Gesellschaft entscheiden, ob sie «für alle Folgen, die durch die zu späte Eindeckung entstehen könnten, sich haftbar» erkläre.
Unter dem Druck dieser Ereignisse versammelten sich am 2. Januar in Königsfelden Vertreter des Kantons Aargau, der eidgenössischen Behörden und der Antiquarischen Gesellschaft. Nun endlich beschlossen sie, alle notwendigen Schritte zum Kauf des Amphitheaters definitiv einzuleiten und die Landeigentümer davon in Kenntnis zu setzen. Diese nutzten ihre Chance auf ein glänzendes Geschäft und untersagten «Pro Vindonissa» jetzt, was sie vorher fristgemäss verlangt hatten: die Verfüllung des Monuments. Für das Gelände, auf dem sich das Amphitheater befand, erhielten sie schliesslich 21‘000 Franken.
Das Pokerspiel um den Erhalt des Denkmals bot den Gegnern Hausers Gelegenheit, ihm den Schwarzen Peter zuzuschieben. Samuel Heuberger behauptete am 25. Januar 1898 im «Aargauer Tagblatt», die Antiquarische Gesellschaft hätte das Amphitheater «vor dem Untergange» bewahrt, «den ihm Hausers Hände bereiten wollten». Den Sachverhalt verkürzend und verdrehend, erklärte auch Jakob Heierli (Vindonissa. 1. Quellen und Literatur.» 1905): «Da ging im Spätherbst des Jahres 1897 das Gerücht um, Hauser wolle die Mauern des Amphitheaters teilweise wegsprengen. Zuerst hielt man das einfach für undenkbar, dass ein Mann, der sich zu den Gebildeten zählte, so etwas zu tun wirklich imstande wäre, aber bald hiess es sogar, es sei vertraglich festgesetzt, dass die zu nah der Erdoberfläche liegenden Mauerteile weggeschafft werden sollen. Alles war darüber einig, dass das unbedingt verhindert werden müsse.» Jakob Heierli war zum Feind seines ehemaligen Schülers geworden, weil dieser im Kampf um Vindonissa gegen den Lehrer opponiert hatte.
Nach diesen bösen Erfahrungen stellte Hauser seine Grabungen auf Vindonissas Fluren im Frühjahr 1898 ein. Die Misshelligkeiten wegen seiner dortigen Tätigkeit verfolgten ihn jedoch weiter. Für die umfangreiche Vindonissa-Sammlung, die vom 3. bis 15. Dezember 1898 im «Helmhaus» in Zürich ausgestellt war, fand sich kein staatlicher oder privater Käufer, der sie insgesamt übernahm, und so wurde sie auseinandergerissen und zerstreut.