1894 wurde der Bau der heutigen Kirche St. Marien angegangen. Da sich das Komitee des Kirchenbauvereins Wädenswil weder über den Baustil noch die Wahl eines Architekten einigen konnte, wurde Pater Albert Kuhn aus dem Kloster Einsiedeln als Experte beigezogen. Nachdem zunächst Heinrich Viktor Segesser von Brunegg als Architekt bestimmt worden war, dieser aber wenig Interesse für diese Aufgabe zeigte, ernannte das Komitee Ende 1895 August Hardegger als Architekten für den Bau der Kirche. Als Vorbild für die Kirche von Wädenswil sollte die 1894 bis 1895 in Schwanden GL von Hardegger umgebaute Kirche dienen. Um den Kirchbau zu finanzieren, wurde neben dem Vereinsvermögen auch der Erlös durch den Verkauf der Liegenschaft mit der Notkapelle hinzugezogen. Weiteres Geld kam durch Spenden und Stiftungen zusammen. Noch vor dem Bau der Kirche wurde entschieden, gleich nach der Vollendung der Kirche den Bau des Pfarrhauses anzugehen. In den Jahren 1896 bis 1897 wurde durch Architekt August Hardegger die 800-plätzige Marienkirche errichtet. Am 18. Juli 1897 segnete der bischöfliche Archivar Noser von Chur die Kirche ein. 1898 wurde das Pfarrhaus gebaut, in den Jahren 1898 und 1901 erhielt die Kirche eine erste künstlerische Ausgestaltung. 1934 wurde die Kirche renoviert, wobei die Innenausstattung verändert wurde. In den Jahren 1958 bis 1960 wurde in einem Anbau an das Pfarrhaus der Etzel-Saal mit Bühne und Nebenräumen erstellt. 1959 und 1969 wurde die Fassade der Kirche verändert und renoviert. 1972 bis 1973 fand eine umfassende Innenrenovation der Pfarrkirche durch Architekt Josef Riklin statt.