In den ersten zwölf Jahren besuchten insgesamt 301 Schüler die Hauptkurse, 184 Obst- und Weinbauern und 117 Gärtner. Sie rekrutierten sich vorwiegend aus den Kantonen Zürich, St. Gallen, Aargau, Thurgau und Bern. Auch Ausländer wurden in Wädenswil ausgebildet.
Neben den Hauptkursen wurden zahlreiche kurzfristige Kurse von ein bis sechs Tagen Dauer erteilt, vor allem über Obstverwertung und Weinbereitung. Sie wurden rege besucht; bis 1902 wurden mehr als 3700 Kursteilnehmer verzeichnet.
1902 übernahm der Bund die Versuchsanstalt. Die Schule konnte er trotz dringlichem Wunsch der Anstalt und der Kantone aus verfassungsrechtlichen Gründen nicht übernehmen. Sie wurde in den gleichen Räumen als Konkordat weitergeführt und ging 1914 wegen ungenügenden Schülerzahlen ein.
Die Versuchsstation befasste sich in den Freilandkulturen mit der Steigerung der Ertragssicherheit und der Qualität von Obstarten, Reben und Gemüse. Grosse Bedeutung kam der Reblausresistenz zu: Kreuzungen der resistenten amerikanischen Arten mit der anfälligen Europäerrebe und die ersten Versuche, Reben auf resistente Unterlagen zu pfropfen, verliefen erfolgreich. Im Gemüsebau wurden zahlreiche neue Arten, vor allem die Tomate, in die Versuche einbezogen.
In den Laboratorien lag der Schwerpunkt auf der Qualitätsverbesserung der Gärgetränke. Für eine geregelte Gärung wurden geeignete Hefestämme selektioniert und eine Reinhefezucht zur Belieferung der bäuerlichen und gewerblicher Keltereien und Mostereien aufgebaut. Die bakteriologischen und chemischen Abklärungen zahlreicher Getränkefehler führten bald zu einer wesentlichen Verbesserung der Most- und Weinqualitäten.
Wichtigste Pionierarbeit war jedoch die gärungslose Obstverwertung. Das Haltbarmachen unvergorener Trauben- und Obstsäfte durch Pasteurisieren war damals Neuland, und Müller-Thurgau entwickelte die dafür nötigen Technologien sowohl für die bäuerliche Selbstversorgung als auch für die Getränkeindustrie. Die zu jener Zeit sehr aktive Abstinenzbewegung profitierte enorm von diesen neuen Getränken und trug viel zu ihrer Propagierung bei.
Der Pflanzenschutz im Obst-, Wein-und Gartenbau gehörte ebenfalls zu den zentralen Aufgaben. Als erstes wurde jeweils die Biologie der Schädlinge und Krankheitserreger gründlich studiert, damit die Bekämpfungsmittel, deren Auswahl damals noch sehr bescheiden war, möglichst gezielt und wirkungsvoll eingesetzt werden konnten.
Eine weitere Aufgabe der Anstalt war die Führung der Schweizerischen Zentralstelle für Obstverwertung. Theodor Zschokke, der sie seit ihrer Gründung 1893 betreute, koordinierte die Ernteschätzungen zur rechtzeitigen Orientierung von Handel und Gewerbe, erarbeitete Sortenbeschreibungen und -bewertungen und suchte Absatzmöglichkeiten für Überschüsse im Ausland.
Wichtigstes Publikationsorgan für die Ergebnisse der Versuchs- und Untersuchungstätigkeit waren die beiden von Müller-Thurgau gegründeten und redigierten Zeitschriften «Schweizerische Zeitschrift für Obst- und Weinbau» und «Der Schweizerische Gartenbau».