Die Inneneinrichtung des Hauses verriet ebenfalls fremdländischen Geschmack. Auf dem Platz vor der Villa stand ein schöner, wasserreicher Springbrunnen. Das abfliessende Wasser sammelte sich in einem mit eisernem Gitterwerk gedeckten Bassin, das als Fischbehälter diente. An die Villa stiess ein Garten mit ausländischen Pflanzen und Bäumen. Er war von einer starken Mauer umschlossen und rings vom Wasser umflossen. So weit sich die Gebäude längs des Sees erstreckten, war das Ufer mit einem festen, aus Steinen gemauerten Damm gegen den Wellenschlag geschützt. In die Halbinsel hinein zog sich ein zirka 18 Jucharten grosser Teich, welcher durch einen engen, von Werdmüller hergerichteten Kanal mit dem Zürichsee in Verbindung stand.
Während die Bauarbeiten auf der Au fleissig fortgeführt wurden – als Architekt amtete der Bruder des Generals, Hans Georg Werdmüller -, reiste der Oberst Ende Juli 1651 wieder nach Venedig, um seinen Sold zu fordern. Er löste seinen türkischen Haushalt auf und kehrte mit Hausrat, Dienern und Sklaven an den Zürichsee zurück, wo er sich in seinem neuen Sitz auf der Au fürstlich einrichtete. Mit besonderer Liebe widmete er sich hier dem Gartenbau und der Landwirtschaft. Er richtete in seiner Villa einen grossen heizbaren Wintergarten und ein Treibhaus ein und hegte darin Zitronen- und Orangenbäume und andere Tropenpflanzen.
Neben seiner ländlichen Beschäftigung betrieb Hans Rudolf Werdmüller mit grosser Leidenschaft mechanische Künste. Zu diesem Zweck hatte er sich neben seinem Landhaus auf der Au eine mechanische Werkstätte mit Schmiede eingerichtet. Mancher Schlosser- und Schmiedegeselle fand hier oft für längere Zeit Arbeit und Lohn, indem er dem Hausbesitzer half, welcher im Schurzfell selber am Amboss stand, den schweren Hammer schwang oder am Schraubstock feilte. In seiner Schmiede auf der Au stellte Werdmüller «zum Nutzen und Vergnügen» allerlei Gerätschaften für Haus und Feld, starkes Gitterwerk, Tore, Wagenbestandteile, Hufeisen, Wildfallen und Instrumente her, ja sogar Fahrzeuge und primitive Automaten. Aus dieser Werkstatt ging auch eine lange, schmale Gondel nach dalmatischem Vorbild hervor. Sie war eigentümlich und ungewohnt gebaut, dass man sie für ein Teufelswerk hielt. Fünf bis sechs Ruderer bewegten das Boot und bewirkten, dass die Gondel «Gischt erzeugend mit so grosser Geschwindigkeit die Fläche des Sees durchschnitt, dass darob Zuschauer und Ruderer ein Grausen empfanden». Ein Zeitgenosse Werdmüllers äusserte sich, der General fahre in seinem Schiff auf dem Zürichsee herum wie der Teufel im Buche Hiob und erschreckte die Leute vom Lande solchermassen, dass sie darob fast sturm würden.
Mit grossem Eifer betrieb der Oberst auch Jagd und Fischerei. Im benachbarten Staatswald, wohin er Hirsche und Rehe aus dem Sihlwald versetzt hatte, übte er das Jagdrecht aus. Auf seinen Pirschgängen wurde Werdmüller häufig von seinem jungen Vetter Heinrich, dem Theologen, begleitet. Im Winter stellten die beiden leidenschaftlich den jungen Enten nach, welche sich scharenweise auf dem Ausee sammelten. Werdmüller züchtete ganze Vogelherden und fing in seinem Garn nach italienischem Vorbild gefiederte Leckerbissen. Für die Fischerei war die Au besonders günstig. Werdmüller liess den grossen Teich austiefen und durch einen engen Kanal mit breiter Mündung so mit dem Zürichsee verbinden, dass auch grössere Fische durch den Kanal in den Teich schwimmen, den Weg zurück aber nicht mehr finden konnten: In dieses Gewässer setzte er eine Reuse.
Das Leben und Treiben Werdmüllers auf der Au wich von den Sitten der angestammten Bevölkerung krass ab. Gar manche Sonderheit konnte sich das Landvolk nicht erklären, und es fürchtete daher den Obersten als Zauberer und Schwarzkünstler. Selbst Gelehrte hatten ihn in Verdacht, er stünde mit dem Teufel im Bund. Werdmüller machte sich einen Spass daraus, seine abergläubischen Zeitgenossen ihrem Glauben zu bestärken. Mit Vorliebe arbeitete er nachts in seiner Schmiede. Weithin dröhnten von der Au her die Hammerschläge, und vorbeifahrende Schiffer sahen – im Schauer der Geisterstunde – wie es feurig aus der Esse aufglühte.
Zu Werdmüllers Hexerstreichen gesellten sich unvorsichtige Äusserungen über die Kirche. Mit aller Entschiedenheit wandte sich der freidenkerische Kriegsmann gegen den engherzigen Geist, welcher damals in Zürich herrschte und in einer in Satzungen und Vorschriften befangenen Kirche seinen Rückhalt fand. Darob bezichtigte man den General des Unglaubens, was er aber bestritt. Er äusserte sich zwar dann und wann gar spöttisch; aber sein Spott galt nie der Religion an sich, sondern den Menschen, welche daraus ein Zerrbild machten.
Die unkonventionellen Äusserungen wurden dem Obersten von seinen Widersachern schwer angekreidet. Man klagte ihn als Gottesleugner, Zauberer und Verbündeten des Teufels ein. Der Rat ordnete eine Untersuchung an.
Am 3. Februar 1659 eröffnete man dem Angeklagten eine umfangreiche Klageschrift. Man warf ihm beispielsweise vor, er sei in seinem Schiff «so schnell gefahren, dass es einem, so auch darinnen gewesen, schier gegrauset». Und man beschuldigte den Obersten, er habe behauptet, ein Mann dürfe zu gleicher Zeit zwei Frauen haben. Diesen Vorwurf wies Werdmüller mit aller Schärfe zurück. Er habe in dieser Form gewiss nie geredet. «Wenn einer jetzt eine Frau habe, so habe er daran so genug, dass er, wenn man ihm noch eine geben wollte, Recht vorschlüge und vor die Eigenossen appellieren werde.» Am 27. April 1659 fällte der Rat das Urteil. Johann Rudolf Werdmüller wurde seines Amtes als Mitglied des Kleinen Rates enthoben und hatte überdies eine gesalzene Busse zu bezahlen, «alles mit dem heiteren Anhang, dass es ime eine Warnung syn sölle». Über den Ausgang des Prozesses verärgert, verliess der Oberst die Au und leistete für den Rest seines Lebens unter fremden Fahnen Dienst.